Pozornie proste logo programu zawiera wiele symboli:
- znak „+”
– oddaje łacińskie słowo magis, które tłumaczy się jako więcej, lepiej, bardziej, pełniej; - otwarte dłonie – symbol gotowości do tego, by dawać i służyć;
- pięć dłoni w różnych kolorach – nawiązanie do pięciu kontynentów, z których pochodzą uczestnicy programu;
- krąg utworzony z dłoni – podkreślenie wspólnotowego charakteru programu;
- palce skierowane na zewnątrz – zaznaczenie misyjnego wymiaru spotkania oraz nawiązanie do symbolu zakonu jezuitów, tzw. słoneczka IHS;
- białe tło i czerwień – nawiązanie do kolorów polskiej flagi narodowej;
- kolor niebieski – symbol Maryi;
- kolor żółty – przypomnienie obecności Ojca Świętego – nie tylko Jana Pawła II, który zainicjował Światowe Dni Młodzieży, ale także kolejnych papieży, którzy je kontynuują;
- połączenie kolorów czerwonego i niebieskiego – nawiązanie do obrazu Jezusa Miłosiernego, a także do postaci św. siostry Faustyny, która obok św. Jana Pawła II, jest patronką Światowych Dni Młodzieży;
- wspólna kolorystyka oficjalnego logo ŚDM Kraków 2016 i logo programu MAGIS – podkreślenie łączności pomiędzy tymi wydarzeniami.